《新樱花大战》的新樱故事设定在1926年的东京。帝国华击团的新樱花组组长神山诚十郎突然回国，并带回来一位名为克拉拉的新樱幸存者。克拉拉曾是新樱莫斯科华击团的一员，但其小组因一场神秘事件而覆灭，新樱仅她一人奇迹般存活下来。新樱随着她的新樱到来，原本已习惯了日常训练和任务的新樱花组成员们，如暴力巫女东云初穗、新樱天才忍者望月蓟以及多才多艺的新樱帕尔玛等，纷纷开始探寻莫斯科华击团覆灭之谜。新樱面对着敌人的新樱步步紧逼与未知的危险，这些性格各异的新樱年轻女性战士们不仅需要携手合作，还必须在爱情和友谊中找到自我价值。新樱她们不仅要保护东京免受威胁，新樱还要揭示克拉拉背后的秘密以及莫斯科华击团消失的真实原因。这场冒险之旅充满挑战，同时也是一场关于成长与勇气的心路历程。《新樱花大战》融合了历史背景、动作场景和角色发展，讲述了一群女性战士如何在逆境中成长并守护和平的故事。