1999年的战机一天，一辆满载不明物体的械哥卡车神秘消失在馆山市。几天后，斯拉哥斯拉突然现身，战机一场激烈的械哥战斗随即展开。自卫队队员家城茜不幸误伤战友叶山二尉，斯拉却侥幸逃脱了哥斯拉的战机攻击，并被调至资料科工作。械哥与此同时，斯拉日本政府在首相柘植真智子的战机领导下，集结了一批顶尖科学家汤原德光等，械哥秘密研发对抗哥斯拉的斯拉新武器——G兵器。经过四年的战机不懈努力，研究团队以初代哥斯拉遗留的械哥骨骼为基础，最终成功制造出了第一台3式机龙。斯拉然而，柘植首相突然辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人接任首相职位。面对新的挑战，茜被调入机龙队，担任操控员，为即将到来的大战做足准备。东京湾再次响起哥斯拉的咆哮，城市陷入一片混乱之中。面对如此严峻的局面，五十岚终于决定启用机龙进行战斗。机龙和茜在品川展开了激烈的对决，而这场生死较量，也将揭开哥斯拉与机械哥斯拉之间惊心动魄的秘密篇章。