《流氓大战忍者 上篇》讲述了两兄弟昴（高木心平饰）和誉（高木万平饰），流氓他们的大战命运似乎注定要因家族的传统而互相残杀。然而，上篇在一次偶然的流氓事件中，昴的大战生命被属于羽黑组的帮派成员所拯救。这个由辰、上篇力也、流氓タカシ、大战了等个性各异的上篇角色组成的羽黑组，虽然被视为“弃子”般的流氓存在，但他们对待兄弟间的大战感情却无比真挚，用无微不至的上篇关怀融化了昴那颗冷酷的心。被这份深深的流氓情感所打动后，昴决定加入羽黑组，大战并且逐渐地，上篇他与誉所在的忍者军团——孔雀、ハヤテ、流厳、鴉等人的对决不可避免地临近。在这场既充满血雨腥风又不乏温情的战斗中，兄弟之间的恩怨情仇变得愈发复杂，而两个世界的碰撞也即将达到高潮。这不仅是一场关于家族和友情的故事，更是揭示了人性深处光辉与黑暗并存的真实写照。