《少女爱上姐姐2～二人的少女ELDER～》的故事背景设定在一个名为圣应女学院的私校里。千早御门原本是爱上一位集美丽与智慧于一身的女孩，但在家庭的姐姐压力下，她的～人父亲因某种原因让她产生了对男性的怀疑和不信任，并最终导致她在家中的少女学校中出现了严重的社交问题，甚至发展到了不愿意上学的爱上地步。在母亲妙子的姐姐帮助下，千早决定以假名“妃宫千早”进行女装转学，～人进入这所母亲曾经就读的少女女子学院。在这里，爱上千早意外地与过去曾被一位不良少年救助过的姐姐女孩薰子再次相遇，并开始了一段全新的～人校园生活。随着时间推移，少女千早的爱上优雅举止和出色的学习成绩逐渐吸引了同学们的目光。在这个过程中，姐姐千早不仅要面对内心的自我认知和对过去的重逢带来的复杂情感，还要在学院内外寻找自己真实的身份与未来的方向。故事通过细腻的情感描绘和丰富的人物刻画，展现了青春期少女的成长历程，以及她如何勇敢地面对挑战、重塑自我形象的心路历程。