在魔法已经成为现实技术的魔法百年后，国立魔法大学附属第一高校迎来了一对特殊的科高兄妹——达也和深雪。达也是生第一个拥有致命缺陷的劣等生，而深雪则是魔法完美的优等生。这对兄妹在校园中的科高生活充满了波折与挑战。随着第二年的生第到来，兄弟俩面临着更加复杂多变的魔法局面。政治结社《布兰什》发动了袭击，科高《无头龙》犯罪组织也介入其中，生第甚至还有大亚联合军对横滨的魔法入侵。与此同时，科高一种能够附着于人类精神并导致其变异的生第魔物“帕拉赛特”开始出现。最让达也为之头疼的魔法是，USNA军魔法师部队总队长、科高同时也是生第达也旧识的安吉莉娜·克杜瓦·席尔兹前来访问。在这样的背景下，达也和深雪的生活再次陷入了混乱之中。新的挑战接踵而至：四叶家成员樱花水波与达也同住，并且他选择了进入新设立的魔法工学科；而七草真由美的双胞胎妹妹香澄和泉美、以及七宝琢磨等新生也带来了各种麻烦。更令人担忧的是，一位神秘美男子周公瑾正在策划一场反对魔法师的社会运动。这场青春与阴谋交织的故事即将拉开帷幕，达也和他的伙伴们将如何应对接踵而至的考验？一段充满波折与成长的旅程就此展开。