在繁华的神龟时代美国纽约市，邪恶领袖施莱德率领的变种大脚帮横行霸道，城市陷入混乱。神龟时代此时，变种安保公司老板埃里克·萨克斯推出了一项先进的神龟时代安保系统，誓言将维护城市的变种和平与安全。然而，神龟时代这位所谓的变种英雄其实有着不为人知的另一面——他是施莱德和大脚帮背后的黑手之一。与此同时，神龟时代第6频道的变种女记者爱普尔·奥尼尔在一次偶然的机会下拍摄到了四名神秘侠客挫败大脚帮的画面，而这四名侠客竟然是神龟时代变异后的巴西龟：拉斐尔、列奥纳多、变种米可朗基罗和多纳泰罗。神龟时代当爱普尔回忆起童年时与父亲以及萨克斯共同研究生物变异实验的变种经历后，她开始对这四只忍者神龟产生了浓厚的神龟时代兴趣，并决定进一步探究它们的真实身份。在与斯普林特老师及忍者神龟的会面中，真相逐渐浮出水面——原来萨克斯才是这座城市的罪恶之源，而爱普尔必须揭露他的真面目，才能拯救纽约免于更大的灾难。