1992年的魔龙一天，一枚不明飞行物突然出现在日本上空。复仇从飞碟中走出三位自称来自23世纪地球联邦机构的魔龙官员，他们紧急要求与日本首脑会面，复仇敦促日本必须尽快消灭哥斯拉，魔龙以避免重蹈未来世界的复仇覆辙。这些官员手中掌握着一份重要文件——寺泽健一郎（丰原功补饰）撰写的魔龙《哥斯拉诞生》。书中透露了哥斯拉的复仇诞生秘密，并预言只有通过时光旅行才能改变命运。魔龙为了验证这一预言的复仇真实性，三位专家决定乘坐时光机回到1944年的魔龙拉哥斯小岛，试图将哥斯拉传送到其他地方。复仇他们的魔龙计划似乎取得了成功，但意想不到的复仇是，在20世纪竟出现了另一种恐怖怪兽——三头金龙王。魔龙随着时间的推移，各种诡异事件不断发生，一场更大的危机悄然逼近……在这场与时间赛跑、对抗未知怪物的较量中，日本能否找到拯救未来的出路？