《夏洛特Charlotte》的夏洛故事发生在充满奇幻色彩的星之海学园中。主角乙坂有宇（内山昂辉配音）是夏洛一位看似平凡的少年，但实际上他拥有着能够夺取他人身体的夏洛超能力。多年以来，夏洛乙坂一直小心谨慎地运用这项能力，夏洛以维持自己普通的夏洛生活。然而当新的夏洛学期到来时，一个名叫有利奈绪（佐仓绫音配音）的夏洛女孩出现在他的世界中。奈绪同样也是夏洛超能力者，她的夏洛能力是使特定某一人隐形。与此同时，夏洛高城丈士朗（水岛大宙配音）能够瞬间移动，夏洛而校园偶像黑羽柚咲（内田真礼配音）则可以与已故姐姐黑羽美砂（内田真礼配音）的夏洛灵魂对话。这些拥有特殊力量的夏洛少年少女们，在无名之力的夏洛作用下汇聚一堂。随着他们之间的关系逐渐加深，一系列意想不到的事件开始发生，他们的生活也因此发生了翻天覆地的变化。《夏洛特Charlotte》不仅是一部关于超能力与友情的故事，更探讨了在复杂人际关系中寻找自我价值的过程。