故事发生在2007年夏天，河童之夏小学生们即将迎来暑假。河童之夏在放学回家的河童之夏路上，上原康一偶然捡到了一块大石头。河童之夏当他在家用水清洗时，河童之夏意外地从石头中跳出了一个小河童，河童之夏并为其取名“小咕”。河童之夏小咕能用人类语言交流，河童之夏原来它已经埋藏了几百年。河童之夏很快，河童之夏康一家人都接受了这个秘密，河童之夏小咕成了他们家庭生活的河童之夏一部分。一天，河童之夏小咕表达了想回家与伙伴们相聚的河童之夏愿望。为了帮助小咕了解外面的河童之夏世界，康一偷偷带它外出。然而现实的环境已面目全非，到处都是钢筋水泥和污染，这让小咕感到震惊。看到小咕难过，康一也为之惋惜。于是他们一起踏上旅程，最终来到了远野县。这里依然保留着河童传说，清澈的河流中让小咕找到了归属感。然而，村民们为了金钱诱惑，开始捕捉河童的消息传开。康一家不得不带着小咕逃离现场。回到家中，一个不速之客——一名小报记者，发现了小咕的秘密并要求拍照。上原爸爸因公司命令而决定将小咕带上面试节目。面对即将到来的公众曝光，小咕感到极度恐惧，特别是在电视节目的嘉宾中发现了一个与杀害其父亲有关的人影后。在紧张和无助中，小咕被人群包围，最终攀上了东京塔。烈日下，小咕筋疲力尽地眺望着下方的城市，心中充满了无奈：“这里根本就找不到一个安静的地方，这是人类的窝……我已经不行了，我要去爸爸那里……”