故事发生在2025年，科技高度发达但人际关系却日益疏远的未来世界。主角林雨，一位有着特殊技能——能看透他人真实情感而不被发现的青年。他因一次意外事件结识了女主角艾琳，一个看似普通却背负着重大秘密的女孩。两人之间的互动逐渐揭开了隐藏在科技社会背后的种种矛盾与冲突。剧情围绕林雨和艾琳的爱情故事展开，同时穿插着多个涉及家庭、友情及社会道德伦理的子情节。他们共同面对来自人工智能统治者“切西瓜系统”（名字取自“切不了的西瓜”，象征无法轻易解决的人际问题）的重重危机，努力寻找恢复人类情感联系的方法。最终，在一系列惊心动魄的故事线交织中，《切不了的西瓜》不仅讲述了两个年轻人的成长与爱情故事，更探讨了科技发展与人文关怀之间的平衡之道。