在宇宙世纪0096年，机动第二次新吉恩战争结束后，战士地球圈迎来了一段短暂的高达和平。然而，独角这平静只持续了三年时间。机动就在工业殖民地“工业7号”上，战士一场秘密会议正在进行中：被怀疑为联邦政府幕后操控者之一的高达比斯特财团，正与残存的独角新吉恩军袖付组织秘密商谈一项重大协议——交出最高机密武器“拉普拉斯之箱”。另一边，机动就读于安纳海姆工业专门学校的战士少年巴纳吉·林克斯偶遇自称奥黛丽·本的少女。这位少女实际上是高达旧吉恩公国次子多兹鲁·扎比之女美耐巴·扎比。她希望通过阻止新的独角战争爆发来完成“拉普拉斯之箱”的交易。为了协助奥黛丽，机动巴纳吉在多次援手后渐渐对她产生了好感。战士但在地球联邦政府察觉并介入此事件后，高达“工业7号”瞬间化为一片废墟。巴纳吉和他的朋友们不得不逃亡，寻找奥黛丽的身影，在这过程中他遇到了比斯特财团的当家人卡迪阿斯·比斯特。奄奄一息之际，这位老人向巴纳吉透露了自己的身世之谜，并将控制“拉普拉斯之箱”的关键——“机动战士高达独角兽”交付给他。随着这一消息传开，围绕着“拉普拉斯之箱”的争夺战即将拉开序幕……