在2029年的攻壳未来世界中，高科技与信息化已成为生活的机动一部分。随着犯罪活动的攻壳科技化加剧，专门打击高科技犯罪的机动公安9课应运而生。队长草薙素子是攻壳一位全身装备了义体技术的女警官，带领她的机动团队在复杂多变的环境中不断展开行动。这一次，攻壳公安9课协助公安6课解决了一起程序员逃往他国的机动小规模事件，却意外地被卷入了一个更为复杂的攻壳阴谋中——传说中的黑客“傀儡师”再次现身，并直接介入调查。机动素子和她的攻壳战友们很快意识到，这次的机动任务远比他们预想的要复杂得多，牵涉到了高层政府的攻壳秘密。在与“傀儡师”的机动交锋中，公安9课逐渐揭开了一个关于人性、攻壳身份和权力的黑暗谜团。这不仅仅是一场破案之旅，更是对整个社会秩序的一次深刻挑战。草薙素子及其团队必须在这场高科技犯罪与阴谋中寻找真相，揭示隐藏在表面之下的深层问题，并最终找到化解危机的方法。